L’Arrêté Royal du 20 mars 1944 décréta la fusion des communes de Pepinster et de Comesse. Cette fusion consacrait un long travail d’amalgame de deux communautés semblables et qui n’étaient séparées que par la rivière la Vesdre. Composée, pour le présent, de territoires appartenant, autrefois, à des autorités politiques différents, jusqu’à la Révolution Française, Pepinster d’une part se détacha du bourg de Theux en 1850 et Cornesse engloba le hameau de Drolenval en 1822, sous le régime hollandais. Goffontaine d’autre part, situé à l’extrémité ouest de la commune, a toujours fait partie de Comesse et partagea jusqu’en 1794, avec celle-ci, les destinées du ban de Soiron au duché de Limbourg.

Il y a énormément de raisons de penser que Pepinster doit son nom à un serf du nom de Pépin, attaché au domaine du prince-évêque de Liège, qui sollicita de son seigneur et maître l’autorisation de défricher et d’essarter, au confluent de la Vesdre et de la Hoêgne, les parcelles nécessaires à la subsistance de sa famille. D’où un „ster” désignant un endroit défriché et, qui ne serait pas antérieur au onzième siècle. Pepinster serait donc un ster de Pépin.

Après de longs siècles d’obscurité, c’est le 2 janvier 1323 que son nom apparait dans un acte officiel: Ramesort d’Odeur acquiert cinq journaux de prés et de terre sis entre les deux ponts de Pepinster. En fait, le petit hameau rural, érigé à la rencontre de nos deux rivières, partagea totalement la vie de Theux, dont il dépendait administrativement. Pendant des siècles, Pepinster désigna un des électeurs appelés à choisir les commissaires qui administraient la communauté.

Un début d’industrialisation se fait sentir au commencement du seizième siècle, lors de la création d’un marteau et d’une platinerie sur les terrains sis aux Grands-Prés. Le 6 mars 1512, un octroi du prince-évêque, autorise Thiry Touillet à prendre „un coup d’eau” dans la Hoêgne pour alimenter une forge. C’est l’origine de Forges Thiry.

La création de la route royale de la Vesdre, de Chaud-fontaine à Theux, avec embranchement vers Ensival et Verviers en 1820-1824, fait de Pepinster un noeud de communications. La ligne de chemin de fer vers l’Allemagne, inaugurée en 1843, augmente l’importance économique de la localité. 1853 voit l’établissement de la ligne Pepinster-Spa et peu après, la jonction de cette ligne avec le Luxembourg, Pepinster devient un centre ferrovière très important.

Une des périodes les plus actives fut certainement celle s’étendant de 1870 à 1880. Pepinster prend conscience de sa personnalité. De nombreuses usines se créent où s’agrandissent. Une nouvelle gare est construite et l’hôtel de ville est érigé à la rencontre du vieux village et de la rue Neuve.