L'aménagement d'un nouveau Jardin botanique demande plusieurs années d'études pour sa conception et une dizaine d'années pour sa réalisation. Une fois réalisé, il reste à adapter le Jardin à l'évolution des concepts des systèmes de classification, aux impératifs des disciplines scientifiques et également aux nouvelles exigences et demandes émanant de la communauté.

Lorsqu'il y a 50 ans, le Service des Collections vivantes du Jardin botanique national de Belgique s'est vu confier les vastes terrains du Domaine de Bouchout pour y créer un nouveau Jardin botanique, il y trouve un domaine entièrement négligé, mais aussi quelques belles parcelles de végétation naturelle. Plusieurs plans sont dressés qui allaient transformer le parc et les terres avoisinantes en un ensemble cohérent qui devait à la fois plaire au grand public et contribuer à remplir les tâches scientifiques du Jardin botanique.

Les premiers travaux d'exécution comprennent à la fois l'aménagement des collections et l'embellissement du parc. Ils ont à peine commencé lorsque les évènements de la seconde guerre mondiale y mettent subitement un frein. Pendant cette période, le domaine est occupé par les différentes armées.

Les circonstances économiques défavorables de l'après-guerre expliquent que les aménagements ultérieurs ne se poursuivent qu'à petits pas.

Une sélection des projets s'avère nécessaire.

Suite à une démolition accélérée des serres dans l'ancien Jardin à Bruxelles, la priorité est donnée à l'extension des serres à Meise. Le nouveau complexe vitré n'est achevé que 20 années pjus tard (1,15 ha sous verre).

Un minimum de moyens doit aussi être réservé à la revalorisation du domaine. Equipé d'une infrastructure limitée, il est partiellement ouvert au public en 1958. Néanmoins, il ne s'agit pas encore d'un véritable Jardin botanique. Les collections de plein air en provenance de Bruxelles sont plantées en dehors du parc proprement dit. L'infrastructure du domaine s'améliore et l'aménagement du parc se poursuit. D'autre part, un effort est fourni pour récolter et multiplier le plus possible de matériel végétal destiné aux collections tant de plein air que sous verre. Cependant, la création de collections thématiques n'en reste qu'au stade de projets.

Une nouvelle tendance se marque vers le milieu des années soixante, lorsque l'aménagement des collections est abordé sur des bases scientifiques. La priorité est donnée aux collections de plantes tropicales et subtropicales; elles sont regroupées d'une autre manière et leur contenu est enrichi et valorisé. La multiplication des plantes suit les techniques modernes. Vers la fin des années septante, le Domaine de Bouchout est réévalué dans son entièreté.